AFM có thể hoạt động ở nhiều chế độ khác nhau, nhưng có thể chia thành các nhóm chế độ [1]: Chế độ tĩnh (Contact mode), chế độ động (Non-contact mode) hoặc chế độ đánh dấu (Tapping mode)

Chế độ tiếp xúc (chế độ tĩnh)

Chế độ contact là chế độ mà khoảng cách giữa đầu mũi dò và bề mặt mẫu được giữ không đổi trong quá trình quét, và tín hiệu phản hồi từ tia laser sẽ là tín hiệu tĩnh. Ở khoảng cách này, lực hút sẽ trở nên mạnh và cantilever bị kéo lại rất gần bề mặt (gần như tiếp xúc). Tuy nhiên, bộ điều khiển phản hồi sẽ điều chỉnh để khoảng cách giữa mũi và bề mặt là không đổi trong suốt quá trình quét.

Chế độ không tiếp xúc (chế độ động)

Chế độ động (hay chế độ không tiếp xúc) là chế độ mà cantilever bị kích thích bởi ngoại lực, dao động với tần số gần với tần số dao động riêng của nó. Tần số, biên độ và pha của dao động sẽ bị ảnh hưởng bởi tương tác giữa mẫu và mũi dò, do đó sẽ có thêm nhiều thông tin về mẫu được biến điệu trong tín hiệu. Chế độ không tiếp xúc là kỹ thuật tạo ảnh độ phân giải cao đầu tiên được thực hiện trên AFM trong môi trường chân không cao.

Tapping mode

Tapping mode thực chất là một cải tiến của chế độ động không tiếp xúc. Trong chế độ này, cantilever được rung trực tiếp bằng bộ dao động áp điện gắn trên cantilever với biên độ lớn tới 100-200 nm, và tần số rất gần với tần số dao động riêng.